Перечень Федеральных целевых программ, в реализации которых участвуют подразделения Спецстроя России

1. «Модернизация транспортной системы России» (2002-2010гг.). 
2. «Государственная граница Российской Федерации (2003-2010 гг.)».
3. «Повышение безопасности дорожного движения в 2006-2012 годах».
4. «Создание системы базирования Черноморского флота на территории РФ в 2005-2020 годах».
5. «Развитие физической культуры и спорта в Российской Федерации на 2006-2015 гг.».
6.Президентская программа «Уничтожение запасов химического оружия в Российской Федерации».
7. «Рестуктуризация запасов ракет, боеприпасов и взрывчатых материалов, приведение системы их хранения и эксплуатации во взрывопожаробезопасное состояние на 2005-2010 гг.».
8. «Развитие уголовно-исполнительной системы (2007-2016 годы)».
9. «Глобальная навигационная система».
10. «Развитие атомного энергопромышленного комплекса России на 2007-2010 годы и на перспективу до 2015 года».
11. «Развитие российских космодромов на 2006-2015 годы».
12.  Федеральная программа по обеспечению жильем военнослужащих, проходящих службу по контракту .
13. «Социально-экономическое развитие Курильских островов (Сахалинская область) на 2007-2015 годы».