Структура Федерального агентства специального строительства

• Центральный аппарат (руководство, Аппарат директора, Центральное производственно-распорядительное управление, управления и самостоятельные отделы)
• Федеральные государственные унитарные предприятия при Федеральном агентстве специального строительства:
• Главное управление специального строительства по территории Центрального федерального округа (ГУССТ №1) (г. Москва)
• Главное управление специального строительства по территории Северо-Западного федерального округа (ГУССТ №3) (г. Санкт-Петербург)
• Главное управление специального строительства по территории Южного федерального округа (ГУССТ №4) (г. Новороссийск)
• Главное управление специального строительства по территории Приволжского федерального округа (ГУССТ №5) (г. Саратов)
• Главное управление специального строительства по территории Урала (ГУССТ №8) (г. Ижевск, Удмуртская Республика)
• Главное управление специального строительства по территории Сибири (ГУССТ №9) (г. Железногорск, Красноярский край)
• Главное управление специального строительства по территории Дальневосточного федерального округа (ГУСС "Дальспецстрой") (г. Хабаровск)
• Главное управление строительства дорог и аэродромов (ГУ СДА)  (г. Москва)
  
• Генподрядное управление "Инстрой" (г. Москва)
• Управление строительства №4 (УС №4) (г. Москва)
• Отдел капитального строительства №900 (ОКС №900) (г. Москва)
• Управление промышленных предприятий (УПП) (г. Москва)
  
• Центральное проектное объединение (ЦПО) (г. Москва)
• ОПП "Спецстройсервис" (г. Москва, г. Одинцово, Московская область)
• "Спецстройконтракт" (г. Москва)
• "Спецстройинжиниринг" (г. Москва)